將監督當作父親一樣敬愛的大石開始他的調查，卻錯誤地把目標定在圓崎家，因為圓崎婆婆說過要懲罰外來者和叛徒的話，開始了他與圓崎家漫長的恩怨
不斷受到養父虐待的沙都子，身心受創，LV5發病，父母死後她又住進了診所，鷹野預謀解剖沙都子。
“科學是不得不與時代的倫理和價值觀進行戰鬥來取得進步的，不管雙手要沾染上什麼樣的鮮血……”
但入江醫生堅持作為一名醫生對生命的尊重，對古手神社神主夫婦說出了真相。
梨花願意協助針對女王感染者的研究，希望以此拯救村民。在梨花的懇求以及入江良心的譴責之下，機關最終決定在沙都子身上試用C103並獲得了不錯的效果。
鷹野接著打算解剖梨花，透過研究得知，女王感染者死亡48小時內全員將發病至LV5，她上報軍部，軍部開始策劃到時候偽裝自然災害滅村的行動……鷹野看著那些權威如此重視這份過去被他們踐踏的研究，獲得了極大的滿足。
大石找到入江談論起北條夫婦的死很可能不是意外事故，而是殺人事件，當時沙都子聲稱在車裡睡覺，醒來就立刻叫人說父母掉下了山崖，但是從停車處是無法看到出事地點的。她明顯在說謊，這引起了大石的懷疑。入江也知道，LV5發病的沙都子，很可能是在重度疑心暗鬼過剩危機意識的驅使下，幻覺父母要殺她而將他們推落懸崖。
“對她來說這只是正當防衛，這不是意外事故，但也不是大石所說的謀殺，只是一出可憐的悲劇。”
梨花的父母因擔心梨花的身體而表示不再合作，使研究工作出現了障礙。
鷹野想到了御社神作祟……綿流當天晚上，神主死於心臟病，妻子投沼自盡。
然而就正當研究進行的時候，鷹野三四最大的後盾小泉去世。
小泉的死導致上方派閥開始爭鬥，新生理事會對於入江機關提出了指示，放棄軍事武器化的研究，研究方向為徹底根除症侯群研究治療藥並保持機密，三年內完成研究後解散。
鷹野對此表示不滿，卻和當年祖父的遭遇一樣，遭到了他人的恥笑。
正在鷹野彷徨失意的時候，一個神秘的女人出現在她面前，對她說，她只是無辜地被捲入小泉身後的學閥繼承鬥爭中罷了，如果想要向那些踐踏了祖父心血的人們復仇的話，跟我合作吧。
第四年，一直為妹妹沙都子操心的北條悟史，逐漸陷入了LV5末期症狀，就像禮奈一樣，感覺到御社神的存在。
為了給沙都子買生日禮物，他開始拼命打工，退出了棒球部，退出前還向入江監督借走了棒球棍。入江雖然有所察覺他的異常，但後來還是遲了。綿流祭當天，北條玉枝被殺，第二天悟史聯絡入江，拜託他將自己買的禮物帶給沙都子。
入江在車上發覺悟史是殺人兇手且已經陷入了LV5症狀後，迅速將他收容。
第五年，圭一轉學而來。
“一直以來我們的棋盤上，一直沒有放上過與以前不同的新的棋子，一直缺少一顆最強大的，能夠打破鷹野的意志的棋子。那就是你。”
梨花堅定地對羽入說。
“來，開始吧……為了這一天，我們已經賭上了幾百年……”
另一方面，鷹野和那名自稱是小泉派的叫做野村的女性合作，發誓要進行復仇。“與其自己的研究成果被上頭給搶走，不如自己親手來了結這項研究……”
就這樣，第五年的綿流復仇劇——終末作戰拉開了序幕。
綿流祭前一個星期。
羽入選擇不再當旁觀者，作為轉校生來到學校，加入部活成員之中，禮奈等人對她有莫名的既視感。
在和鷹野相遇後，她忽然想起前一個世界的一切。