西班牙人之所以在馬尼拉有準備淺水重炮艦，也是因為他們把馬尼拉看得太重要，這裡是他們接受美洲白銀、進口大明貨物的唯一口岸，經過近百年的殖民建設，他們在馬尼拉有自己的戰艦造船廠，可以就地建造炮艦，也就能供給這種船型。
相比之下，此前荷蘭人在大員島，建設力度就不夠大，荷蘭人只是把大員島當成一個貿易基地，當地沒有船廠能自產軍艦，軍艦都是在荷蘭本國造好後開到遠東的。既然如此，單桅臼炮船這種小船難以遠涉重洋遠航，也就沒法出現在遠東了。
由此也可以看出，西班牙殖民者在菲律賓種田百年的積澱，還是不容小覷的，遠比大員的荷蘭人難打數倍。
鄭成功一開始沒注意，把提防重點放在馬尼拉城的岸防炮臺上，結果被那些單桅臼炮船白白偷點了好多輪，直到一艘運兵船被直接命中，並且炸穿船底進水，鄭成功才又驚又怒，充分認識了這些小不點的威脅。
好在事情也不算晚，鄭成功調轉火力後，哪怕這些小炮船依然在放肆開火，但畢竟精度太差，鄭成功的快速護衛艦逼上去，在短短半個時辰的炮戰中就擊沉了七八條單桅臼炮船。
而明軍只有一條32炮風帆護衛艦被臼炮擊中，被炸穿了甲板和一側船舷，進水傾斜。
可惜，西班牙人殘存的單桅臼炮船也立刻利用了自身吃水很淺的優勢，後退規避到了馬尼拉和巴丹半島岸防炮臺的掩護射程內。
明軍戰艦忌憚岸防要塞炮的威脅，加上吃水問題無法靠得太近會擱淺，只好暫時作罷。
……
第一天的海戰拉扯之後，鄭成功也發現，要直接登陸馬尼拉城，容易被單桅臼炮船隊偷傷害，還要提防各個方向的攻擊。
雖說馬尼拉灣的面積，可比當年的大員安平灣大得多，海灣縱深足有五十里，兩岸的炮臺都沒法夠到海灣中間的海域。
但是，一直被圍在中間，鄭成功也要擔心夜間被敵人小型炮艦逼近偷襲，還要擔心躲避到外海的西班牙主力艦隊隨時回來偷襲。鄭成功決定還是不要分散兵力，逐步進攻各個擊破比較好。
於是明軍暫時撤出馬尼拉灣東側半部海域，集中夾攻作為海灣外側屏障的巴丹半島和科雷吉多島。
明軍艦隊收縮了陣地後，在巴丹半島西岸重新建立灘頭陣地，紮營把攻城炮運到岸上。經過幾天的短暫準備，差不多就可以強攻了。
期間西班牙人倒也有嘗試派出小規模敢死隊，趁夜摸黑來偷襲明軍攻城炮兵營地，但都被巡夜的明軍痛擊殲滅了。
與此同時，劉國軒的部隊，也打通了北部一百餘里的陸上通道，把從林加延灣到巴丹半島的佔領區連成一片。佔領區內聚攏的逃亡漢人也越來越多，雖然帶來了些糧食，卻因為這些漢人百姓同樣要吃飯，一時口糧有些緊張起來。
鄭成功就吩咐部隊分兵去找當地跟漢人有矛盾的土著徵糧，讓漢人百姓帶路。凡是敢於反抗的，那就直接殺光——當然，鄭成功嚴格交代了，只允許從那些此前“協助西班牙人殺漢人”的有仇的土著部族開始下手。
安排完持久戰的軍需問題後，鄭成功向劉國軒打聽，西班牙人的兵力構成。
劉國軒已經上岸多日，也從本地漢人那裡打聽到了翔實情報，就一五一十告知：“這些佛郎機人往年常年有兩千餘人至三千五百人的駐軍在馬尼拉，此地已經被他們經營百年，非常重視。
前些年這些佛郎機人屠戮我漢人子民後，唯恐大明報復，屢次請求本國增兵，此後每年增兵一千五百左右，至今已增了兩輪了。如今馬尼拉和巴丹半島、科雷吉多島三處要塞，共計有佛郎機真夷六千五百人，關鍵是還糾集了仇視漢人的土著兵數萬。
當地土著懶惰，屢屢仇視福建、潮汕來的漢人比他們勤懇，善於聚斂家財，他們便心生歹意，每每劫掠漢人。佛郎機人深知其中民情，多年來利用土人的懶惰貪財，挑唆他們對付漢人，其中一些部族，就是靠搜刮勒索漢人致富，成了佛郎機的統治幫兇，根本不可能爭取。”
鄭成功聞言，臉色冷厲：“那還有什麼好爭取的，敢跟佛郎機人一起對付我漢人的，殺盡便是！聽說土人多分屬不同部族，少有往來，我們盯著幾個部族滅，也不至於得罪所有人。
假以時日，其他部族自然不敢胡亂仇恨。六千五百真夷，數萬土人，不足為懼！”
鄭成功很清楚，西班牙人不可能跟所有的土著關係都很好，他們只是需要一些打手部族，夠他們壓制住漢人就行。因為西班牙人不是來做慈善的，他們可不會好心到搶擅長經商的漢人、卻善待土著，土著同樣是西班牙人的剝削壓榨物件。