所以，朱樹人就指出，一定要避免“雞同鴨講”、“外行指揮內行”的問題，不能再把十一個尚書級別的官員，都拉進內閣和稀泥討論。
而最終討論的解決辦法，也是在各部之上，再設定“內閣協理大臣”，類似於此前的“內閣次輔”，只不過現在的內閣協理大臣可以有三到四個，然後不再是平等的亂交叉協理，而是分工明確，每個協理大臣只針對性分管某幾個部（類似於後世副職的協理大臣，有些分管科教文衛，有些分管外交）
四位內閣協理大臣，第一位分管禮、文、藩三個部；
第二位分管吏、法；
第三位分管兵、商（就是把對外航海殖民跟國防交給同一個協理大臣管，這是考慮到這個時代的殖民多是武裝殖民，不是和平做生意，需要武力保護）
第四位分管民、財、工、內務府。
如此一來，內閣首輔改名為“內閣總理大臣”，下面副職的有四位“內閣協理大臣”，這四位內閣協理大臣再各自分管兩到三個部級單位。
十一個尚書級別的存在，以後就不再直接進入內閣了。
但是特殊情況下，會允許內閣總理大臣或者內閣協理大臣同時直接兼任某一個部的尚書。如此一來，如果一個尚書同時又是內閣大臣，那他還是可以入閣議政的。
制度定下來之後，為了讓新制度能順利過渡，不至於遇到阻力，首批的人選自然也要慎重。
朱樹人本人其實已經好多年沒有到前臺直接執政了，他原本也不是很在乎這些名分，他就想讓張煌言直接從內閣首輔轉為內閣總理大臣。
但是張煌言堅決推辭，說改革之後，內閣大臣的權力其實比之前又有所提升。在這種變法的關鍵時期，需要更鎮得住場面的人來站臺。
最後隱退數年的朱樹人，只好勉為其難，先來充任一下大明的第一屆內閣總理大臣。為這個崗位站站臺，增加天下人民的信心。
他是不在乎的，但天下人民逼著他來安定人心，他也沒辦法。
朱樹人之後，四位內閣協理大臣（排名分先後，越靠前的權力越高）分別是：
內閣第一協理大臣張煌言，分管吏部、法部工作；
內閣第二協理大臣方以智，分管民部、財部、工部，內務府工作；
內閣第三協理大臣鄭成功，分管兵部、商部工作；
內閣第四協理大臣顧炎武，分管禮部、文部、藩部工作。
上述權力結構的調整，最後在小康十五年內全部完成。各部衙門和班底也順勢完成了拆分和重組，該新增人手的新增人手，該引入專業人才的引入專業人才。一切都非常順利。
 本章完