元和五年至六年這兩年期間，對德川將軍宗家而言最為重要的戰略，就是與天皇的結親了。
在完成幕藩體制整頓後，秀忠決定遵從父親家康生前“與天皇家結親”的心願，讓德川氏血脈滲透進天皇一族，繼而為幕府的長治永續奠定不二基石。
早在慶長十六年公元1611年）後水尾天皇即位當年，家康就開始佈局推動將秀忠五女和姬嫁入皇宮的規劃，並向皇室提交了申請。
慶長十九年公元1614年），在家康的軟硬兼施下，朝廷終於在四月發出讓和姬入宮的宣旨。
但由於橫亙兩年的大坂冬、夏之陣，以及元和二年公元1616年）家康去世、元和三年後陽成天皇駕崩等系列原因，朝廷不得不推遲和姬入宮的時間。
但秀忠並未因此延緩與天皇聯姻的步伐，並於元和四年下令開始建造專屬於和姬的女御御殿。
不過對被施壓要迎娶和姬的後水尾天皇來說，或許內心又是另一番滋味。
於是在迎娶和姬之前，他就寵信了宮中的女官與津子，並與她生下皇子賀茂宮及皇女梅宮。
這不但一度成為和姬嫁入皇家的阻礙，更被幕府認為是後水尾天皇的挑釁，從而激怒了對這場公武聯姻志在必得的秀忠。
此時的秀忠，已經是讓滿朝文武信服、天下大名無人敢於與之對抗的強權將軍了。
自從秀忠正式執掌天下之後，為了更有力的統御全國諸大名，他鐵腕改易了以福島正則為代表的外樣大名，並依父親家康遺言建立了御三家。
除了福島正則，秀忠強力改易的範疇還延伸到了幕府重臣陣營，例如下總見小川的城主安藤重信也在這場調整裡，被改易為上野高崎城主。
不過在領地改易過程裡，也有超乎秀忠掌控範疇的意外發生。
例如正純便以家康遺命作為藉口，將奧平忠昌由10萬石的下野宇都宮藩轉封至11萬石的下總古河藩，而自己則由5萬3000石的小山轉封至15萬5000石的宇都宮。
既然正純祭出家康遺命作為擴大自己領地的理由，秀忠便不好加以否定，但他也由此招致了秀忠更深的反感。
在施政革新上，他起用了土井利勝、酒井忠世等自已的班底擔任幕府權利中樞的老中，逐漸架空以本多正純為首的家康時代寵臣，繼而形成了自已特色的領導風格。
竹千代在與宗矩談及秀忠施政特點時，曾感慨：“父親在政事領域的天賦與才能，要遠勝于軍事方面的作為，他是天生的內政型將軍。”
在政事方面有著靈敏嗅覺、並且越來越融入幕府機制的竹千代，隨著自身的越發強大，也更加能洞見到父親在治理方面的出類拔萃。
在家康的前四個兒子裡，排行老三的秀忠，在幕臣群體裡被公認為相較於他的其它三個兄弟，他可謂是家康前四子裡唯一性情溫厚、具有文人氣息的子嗣。
但正是有著此類評價的秀忠，在執掌政事後行事卻極度當機立斷、並且殺伐果決。
他在對親屬和家臣、甚至朝廷管制方面都相當嚴厲，對外貿易亦僅限於平戶、長崎兩地。
在家康逝世後，秀忠嚴格執行勒令忠輝蟄居的指令，即使茶阿局數度試圖斡旋，但秀忠依然不改初衷，更多次更改忠輝的流放地點。
元和五年公元1619年），秀忠在造訪京都之前，與長子竹千代進行了一場父子間的茶敘。
這場茶敘在秀忠起居的中奧進行。