之後，孫策迎接剛從袁術處回來的吳景擔任丹陽太守，並親自進攻丹陽涇縣以西。
他先進擊陵陽，擒獲祖郎；又進擊勇裡，擒獲自封丹陽太守的太史慈。
孫策平定丹陽回師吳郡後，拜太史慈為折衝中郎將，授祖郎為門下賊曹。
這時，袁術之前任命的周瑜為居巢長，魯肅為東郡長。
但二人都知道袁術難成大器，在孫策平定丹陽時，相繼棄官渡江來投奔孫策。
孫策親往迎接周瑜，拜建威中郎將，當即給周瑜增兵二千人，馬五十匹。
又給周瑜鼓吹等軍用樂隊，興建府院住處，所贈賜的東西在軍中無人能比。
也是從這一年開始，周瑜一直跟隨孫策征戰，並與周星月聚少離多。
同年，孫策又向漢廷貢獻禮物，規模是建安元年的兩倍。
漢廷任命他為討逆將軍，封為吳侯。
建安四年199年），孫策正準備與曹操、董承、劉璋併力討伐劉表和強弩之末的袁術。
軍隊已經整裝待發之時，結果，袁術卻得病而死。
在袁術死後，袁術的部下楊弘、張勳欲投奔孫策，不料卻被廬江太守劉勳截擊，全體被俘。
而袁術的堂弟袁胤、女婿黃猗等人，也懾於曹操的威力，不敢守衛壽春。
他們抬著袁術的棺木，帶領袁術的家小和部曲男女，到皖城投奔劉勳。
孫策以謙恭的言辭，豐厚的禮物，勸說劉勳攻取上繚。
在劉勳成行後，孫策率軍繞襲劉勳的大本營皖城，一舉攻破。
隨後，孫策又打敗了前來救援劉勳的黃祖之子—黃射。
十二月八日，孫策進至黃祖屯兵的沙羨，劉表派侄兒劉虎和南陽人韓曦帶領長矛隊五千人趕來支援黃祖。
十一日，孫策率領周瑜、呂範、程普、孫權、韓當、黃蓋等同時進攻黃祖軍。
最後，黃祖隻身逃走，其妻妾子女共七人被孫策抓獲。
劉虎、韓曦並兩萬餘部重被殺，跳水溺死者達一萬餘人。
孫策繳獲船隻六千餘艘，財物堆積如山。
建安五年200年）初，孫策大敗黃祖後東進豫章，駐軍椒丘。