王敦所派的南蠻校尉—魏乂率軍二萬進攻湘州治所—長沙，因長沙城池不穩而又缺乏軍需儲備，眾人都十分恐懼。
有人更勸司馬承投靠陶侃，或退守零陵、桂陽，但司馬承堅持要嬰城固守。
甘卓寫書司馬承要出兵沔口斷絕王敦歸路，藉以解除長沙之圍，但司馬承勸他直接攻擊王敦。
同時，王敦亦派甘卬向甘卓求和，甘卓再次猶豫，在豬口停駐了數十日仍不前進。
被召還建康防守的劉隗回京時受到百官在道上歡迎，意氣自若。
入宮後，與刁協要求司馬睿因王敦叛亂而盡誅王氏，但遭到拒絕，劉隗因而有懼色。
同時，王導亦率宗族子弟二十多人請罪，都被司馬睿原諒。
王導任前鋒大都督，戴淵任驃騎將軍，周札為右將軍、都督石頭諸軍事。
又命王廙勸止王敦，但王敦不聽，更留下王廙自行任用。
王敦逼近建康時，劉隗被指挀守金城，周札守石頭城，司馬睿親自領軍在城郊準備迎戰。
王敦兵臨石頭城，打算進攻金城，打擊劉隗。
但部將—杜弘認為劉隗死士眾多，不易攻克，建議先攻石頭城。
又認為周札少有恩德，士眾不服他，易於攻克，而石頭城一旦被擊破，劉隗就會退走。
王敦聽從，並進攻石頭城，周札開城門投降。
王敦因而佔據石頭城。
於是，司馬睿命劉隗、戴淵、刁協、王導、周顗、郭逸和虞潭等率軍進攻石頭城，但都被王敦軍打敗。
太子—司馬紹知道諸軍兵敗後，打算親率將士決一死戰，但被太子中庶子—溫嶠諫止。
王敦在石頭城中擁兵，不入宮朝見司馬睿，更放縱士卒四處搶掠。
當地大亂，官員都逃走，只餘下安東將軍—劉超率眾與兩名侍中侍奉司馬睿。
司馬睿只好脫下戎服，派使者向王敦求和。
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同時，兵敗的刁協和劉隗回宮見司馬睿，司馬睿流著淚勸二人快點逃走避禍，更給予二人人馬讓他們逃走。
但刁協因年老而不能騎馬，亦對人無恩情，元帝召募刁協隨從時竟然全都推辭。
刁協行到江乘時被殺，首級被送到王敦那裡；劉隗則領家屬北逃至後趙。
不久，在吳興響應王敦的沈充攻破吳國，殺害吳國內史—張茂。
之後，司馬睿命令百宮到石頭城見王敦，然後任命王敦為丞相、都督中外諸軍、錄尚書事、江州牧、封武昌郡公。
王敦假意辭讓，知道攻破建康，王敦責備說：“不聽我的話，幾乎滅族。“
王導仍然不理睬，王敦沒辦法。
王敦見太子為人勇敢，而且有謀略，朝野中人都支援他。
於是，王敦打算以不孝為名廢了他，以免日後阻礙自己專政。