紐約大戰之後，斯塔克大廈被破壞得千瘡百孔，於是託尼在其殘骸上建立起一座嶄新的大樓——
復仇者大廈
這座建築高達百米，而在大廈的頂部有一個巨大的字母a，代表了復仇者的總部。
大廈頂層的會議室內，復仇者們正在開會。
大螢幕上漸漸出現一個詭異的影象，黑色的背景下是一個紅色骷髏頭，骷髏頭下有許多扭曲的章魚觸手。
“九頭蛇？！”
美國隊長看到這個熟悉的標誌表情十分震驚，“這不可能——”
“據我所知，九頭蛇不是在二戰的時候被美國隊長他們剿滅了嗎？”黑寡婦的秀眉微蹙。
其餘的復仇者們也是驚訝萬分，只有來自阿斯加德的雷神索爾一臉狀況之外的樣子。
當年美國隊長擊敗紅骷髏消滅九頭蛇，贏得了世界和平。
人們一直以為隨著二戰的結束，可怕的九頭蛇就此消失了。
但這只是表面，實際上他們一直潛伏於神盾局的陰影中。
九頭蛇藉助神盾局之手在世界各地製造恐慌和混亂，從戰爭中謀取利益，實現自己的陰謀。
冬日戰士計劃、回形針計劃、洞察計劃……
為的就是終有一天九頭蛇捲土歸來，重新主宰整個世界。
但是這一切，全被數碼寶貝的到來所打亂了。
自從西特維爾被小惡魔獸附身後，九頭蛇的命運就發生了轉變，整個組織逐漸被巴古拉帝國所掌控。
尤其是後來，尼克弗瑞被小丑皇附身後，無論是九頭蛇還是神盾局都成為了黑暗忠實的僕人。
直到這段時間，這個塵封已久的秘密才漸漸被解開。
里昂明白，數碼世界的入侵給這個世界帶來了巨大的變動。
——冬兵還在沉睡中。
雖然史蒂夫不知道自己的好基友巴基還活著，但是也少了很多的麻煩。
詹姆斯巴恩斯被九頭蛇洗腦，作為冷酷的殺人武器害死了不少的人，其中就包括鋼鐵俠的父母。