x先生老了。
雖然他的計劃，他建立帝國的偉業都在有條不紊的推進，但是時間已經不再放過他了。
他的頭發開始變白，牙齒開始松動，年輕時候引以為傲的視力如今也開始變得模糊。
他老了，可是他的心不老。
所以他打著研究毒藥的幌子去研究返老還童的藥物。
他要不斷地為自己延續生命，延長青春。
只有這樣她，才能夠親眼看著自己的偉大理想變成現實。
但是——
這種藥雖然研製出來了，卻有很大的隱患。
一旦服藥者的體質和aptx4869的成分不相符，就無法獲得返老還童的機會，甚至會搭上自己的性命。
x先生自然不會拿自己的性命冒險。
所以他讓宮野志保去完善aptx4869這種藥，把aptx4869和自己的基因結合在一起，形成獨屬於x先生的藥物。
誰知道宮野志保早就不滿於黑衣組織對她的壓迫，於是宮野志保不但沒有按照x先生說的做，反而自己冒險吃下aptx4869，然後逃生。
x先生知道宮野志保離開以後，就讓自己的心腹，也是組織裡最有實力的琴酒去追，琴酒追回了宮野志保研製的所有成品aptx4869，但是讓宮野志保逃了，還陰差陽錯的讓工藤新一把aptx4869吃了下去。
不單單如此——
工藤新一還極其巧合的就是和aptx4869基因匹配的那個人。
工藤新一吃下aptx4869後，不但沒有死去，反而意外的返老還童。
而且，逃跑後的宮野志保和工藤新一竟然意外結成同盟，並且還和黑衣組織中的臥底——
安室透和赤井秀一兩個人聯絡上了。
這些人一起結成了打擊黑衣組織的同盟。
琴酒作為黑衣組織的代表，自然和這些人開始作對。
工藤新一，這位擁有著超凡智慧與無畏勇氣的高中生偵探，在偶然間撞破了琴酒所率領的黑衣組織那不可告人的罪惡勾當後，便毅然決然地踏上了與之對抗的艱難征程。
工藤新一深知，這個組織的存在猶如一顆毒瘤，侵蝕著社會的每一寸肌膚，若不將其拔除，無數無辜的生命將繼續遭受荼毒。
與此同時，身為日本公安精英的安室透，憑藉著對正義的執著堅守以及在情報領域的深厚造詣，早已秘密潛伏進黑衣組織內部，如同一顆深埋的定時炸／彈，等待著最佳的引爆時機。
而赤井秀一，這位fbi 王牌特工，冷峻堅毅的外表下藏著一顆熾熱的心，他以精準的槍法和過人的謀略，成為了黑衣組織最為忌憚的對手之一。