掃蕩九州島的作戰行動並沒有遇到多少困難。九州島一直比較獨立，受中央政府的影響比較少。另外，在日本內海的制海權都落入了唐帝國海軍手裡之後，日本本州島與九州島的聯絡基本上中斷了，九州島上的日軍數量很少，難以形成有效的抵抗力量。
十八日，6戰隊就掃蕩了福岡周圍地區，並且讓工程兵開始修復福岡港的基礎設施，讓大型運輸船能夠直接在碼頭上卸下貨物與裝備。6戰隊同時開始向大分與長崎方向推進，繼續擴大掃蕩範圍。
二十一日，五個朝鮮6軍師登上了九州島，兩個泰王國的6軍師也到達了福岡，加入了掃蕩行動。這些同盟國的軍隊才是掃蕩九州島的主力部隊。
按照唐帝國與同盟國的約定，太平洋方向上的作戰行動主要由唐帝國負責，另外波斯帝國將協助唐帝國控制太平洋與印度洋交匯的海域，而在對日作戰中，朝鮮王國與泰王國是唐帝國的主要協助力量。因此，佔領日本的行動也將由這兩個國家承擔。在唐帝國無法派遣更多兵力前往日本，而朝鮮王國與泰王國的軍隊又難以在正面戰場上揮重大作用的情況下，佔領日本的重任就交給了這兩個國家承擔。
朝鮮王國與泰王國最初都是唐帝國的附屬國，後來都成為了唐帝國最重要的盟國，在數百年的歷史中，這兩個國家一直跟隨唐帝國。經過了數百年的同盟，雖然這兩個國家的國力並不強大，但是對唐帝國的忠誠是毋庸置疑的。也許，唐帝國不會讓波斯帝國插手日本的事情，但在沒有辦法的情況下，唐帝國肯定會將這類直接關係到帝國利益的事情交給朝鮮王國與泰王國來處理。比如，這次佔領日本本土的行動，唐帝國在無法派遣更多地地面部隊的情況下（實際上，唐帝國根本就沒有在前期的戰略計劃中安排前往日本的佔領軍）就將佔領日本的重任交給了朝鮮王國與泰王國的軍隊。
唐帝國6戰隊在九州島上的行動實際上就只是幫助兩個同盟國的軍隊掃清障礙而已。朝鮮王國與泰王國對唐帝國的忠誠是沒有問題的，可這兩個國家軍隊的戰鬥力則是個問題。在日軍登6朝鮮半島的時候，朝鮮王國的軍隊只能擔任後勤保障任務。而在日軍掃蕩南洋地區的時候，泰王國的軍隊則躲進了叢林與山區裡面，根本就不是日軍的對手。要這兩個國家的軍隊去參加太平洋戰場上的前線作戰行動，這顯然是勉為其難地事情，因此，只能將這類後方地佔領任務交給他們去完成了。
到月底的時候。6戰隊已經攻佔了長崎，大分，大川，鹿兒島等十多個大中型城市，基本上完成了對九州島的控制行動。隨後參加登6作戰地五個帝國6戰師返回了福岡，準備撤出九州島，而佔領任務則交給了朝鮮王國與泰王國的軍隊。最後，唐帝國留在九州島的地面兵力是一個二級6軍師，該師駐紮在福岡，主要就是控制福岡港。如果九州島上的情況有所變化的話。那麼唐帝國可以透過福岡港快增援。或者是撤出島上的同盟**隊。
佔領只是控制九州島的第一步。要真正瓦解日本，分裂日本，需要做的工作還有很多。在佔領之後。先要做的就是穩定九州島上的日本國民，恢復島上地秩序。從六月十八日開始，大量的生活物資，特別是食物，藥品就開始源源不斷的送到了福岡，這是穩定九州島的第一步。
戰前，九州島上的總人口為18oo萬，其中居住在十多座大中型城市裡的居民達到了12oo萬。可到現在，九州島上的日本人總數不過1ooo萬，且絕大部分都在鄉村以及山林裡面。十幾座大中型城市幾乎都成為了鬼城。這些日本人最為需要的就是糧食與藥品，長期的轟炸，封鎖，讓九州島幾乎成了死亡之島。
在六月期間，唐帝國組織了三支商船隊，向九州島輸送了15o萬噸糧食，以及過五萬噸地藥品，醫療用品。另外，唐帝國。朝鮮王國以及泰王國還組織了數百個救援與醫療團隊，跟隨軍隊到達了各個大城市，開始向島上的戰爭難民提供幫助。到24年年底，九州島上的日本人一共收到了過3oo萬噸的糧食，以及大量的醫療藥品，上千萬日本人因此而脫離了死亡的威脅。
當時，關於救助日本人的事情在唐帝國內部還引了很大的爭論。很多人認為不應該去幫助挑起戰爭的敵人。在對日作戰中，唐帝國有數十萬將士倒在了沙場上，唐帝國為此付出了慘痛的代價。雖然名義上是日本的軍國主義政府挑起的戰爭，但是日本的政府難道不是日本人自己選出來的政府嗎？如果沒有日本民眾的支援，日本軍國主義政府能夠上臺嗎？製造戰爭的日本人，那麼日本人就應該為戰爭付出代價，是他們選擇了戰爭，那他們就應該嚐到戰爭的惡果！
話雖然這麼說，可更多的唐帝國百姓還有是憐憫之心的。日本人確實挑起了戰爭，可也受到了懲罰。在兩年多的時間裡，至少有25oo萬日本人因為戰爭而死亡，日本人在幾十年內建立起來的工業基礎全部被摧毀，整個國家機會會到了原始社會狀態。這個代價也是極為慘重的。現在日本已經瀕臨滅亡了，帝國應該幫助那些“無辜”的日本人嗎？
也許應該，也許不應該。當然這不是由帝國的百姓就能決定的，人道主義援助本身並不是在追究戰爭的責任。唐帝國作為全球第一強國，那麼就應該有大國的風範，應該拿出大國的氣概來。僅僅懲罰是無法解決問題的，有的時候原諒，以及在懲罰之後的和解才是最重要的。這不是兩個國家的和解，而是兩個民族的和解。
援助在源源不斷地送往日本，同時，代表了絕大部分日本國民民意的新政府也在六月下旬的時候成立了。這個政府是由唐帝國支援成立的新政權，是由一直反對軍國主義集團的日本愛國人士組成的新的政府。
六月二十四日，新政府在福岡宣佈成立。並且將福岡暫時定為了行政都。這個新政府的主要官員都是由唐帝國預設地，而且唐帝國還派遣了部分政府官員前去協助。當日，唐帝國，朝鮮王國，泰王國就公開承認了新政府，次日，其他的同盟國也都6續承認了這個新組建的政府。
日本新政府在西方又被稱為“偽政府”在日本新天皇被東條政府控制的情況之下。新政府是得不到天皇的承認的，而按照日本憲法，只有得到天皇承認的政府才是合法的政府。為了繞開這一點，新政府根本就不承認天皇為日本的最高領袖，而是透過選舉的方式來確定國家的最高領袖，以總統制代替了君主立憲制。隨後，新政府還表了公告，宣稱天皇是被東條政府所謀害地，而現在的天皇只不過是東條政府手裡的傀儡而已，已經失去了代表日本百姓的基本權利。
政治上的鬥爭是不可避免的。但這並不能改變日本的現狀。在新政府成立之後不久。唐帝國就開始幫助新政府武裝軍隊。也算是作為一種保險吧，日本新政府的軍隊都只獲得了最基本的步兵武器，另外。高階將領都由唐帝國派遣的將軍擔任，而重要機構裡都有唐帝國的軍事顧問。換句話說，這支新成立的軍隊的控制大權並不在日本新政府地手裡，而是在唐帝國的手裡。
到六月底，第一支新軍成立，並且接管了大分市的治安工作。更多的新軍也在訓練之中。組成這支新軍的人員都是從九州島各地的青壯年中挑選出來的，在很大的程度上，這其實只是一支治安部隊而已。
七月初，唐帝國6戰隊迅的掃蕩了四國島，取得了這座島嶼地控制權。隨後朝鮮王國與泰王國的軍隊就接替了帝國6戰隊，負責四國島上的治安與維持社會秩序的工作。到此，唐帝國進攻日本本土的第一階段作戰行動基本上結束，九州島與四國島脫離了日本東條政府的控制。