為了維護這個荒謬的理論，天主教會的宗教裁判所不惜用恐怖的暴力對付一切敢於提出異議的人們。1327年，義大利天文學家採科·達斯科裡活活被燒死，他的罪名只不過說了地球是球狀，在另一個半球上也有人類居住，卻慘遭迫害。1600年2月17日，義大利哲學家布魯諾，在羅馬百花廣場被活活燒死，也是因為他到處宣傳了哥白尼的學說，動搖了地球中心說。
伽利略是布魯諾的同時代人，早在帕多瓦大學執教時，他就讀過哥白尼的著作《試論天球執行的假說》（又名：>）。這位傑出的波蘭天文學家在這本書中大膽地提出太陽是太陽系的中心，地球和其他行星都圍繞著太陽運轉的理論，即太陽中心說，一開始就引起伽利略的極大興趣。但是伽利略是個科學態度十分嚴肅的學者，他想，過去都說是太陽圍著地球運轉，哥白尼卻提出相反的看法，到底哪一個正確呢？伽利略沒有輕率地下結論，他決定用自己的望遠鏡來證實誰是誰非。
當伽利略的著作《星際使者》出版時，他已是一個哥白尼學說堅定的支持者了。伽利略透過自己的觀測和研究，逐漸認識到哥白尼的學說是正確的，而托勒密的地球中心說是錯誤的，亞里士多德的許多觀點也是站不住腳的。伽利略不僅發表了批駁亞里士多德的論文，還透過書信毫不掩飾地支援哥白尼的學說，甚至把信件的副本直接寄給羅馬教會。在伽利略看來，科學家的良心就是追隨真理。
但是，羅馬教廷是決不會放過伽利略的，他們先是對伽利略發出措辭嚴厲的警告，繼而把他召到羅馬進行審訊。1616年2月，宗教裁判所宣佈，不許伽利略再宣傳哥白尼的學說，無論是講課或寫作，都不得再把哥白尼學說說成是真理。
伽利略不會忘記，16年前布魯諾就是被這些披著黑色道袍、道貌岸然的上帝的衛道士活活燒死的。他如果敢於反抗，下場絕不會比布魯諾更好。
在教會的威脅下，伽利略被迫作了放棄哥白尼學說的宣告。他懷著極其痛苦的心情回到佛羅倫薩，在沉默中度過了好些年。
但是伽利略的內心深處並沒有放棄哥白尼學說，相反，繼續不斷的觀測和深入研究，使他更加堅信哥白尼學說是完全正確的科學理論。在佛羅倫薩郊外的錫尼別墅裡，伽利略過著與世隔絕的生活，他的身體大不如前，病魔在殘酷地折磨他，但是他依然念念不忘宣傳哥白尼的學說。經過長久的醞釀構思，用了差不多5年時間，一部偉大的著作《關於兩種世界體系的對話》終於誕生了。
《關於兩種世界體系的對話》表面上是以三個人對話的形式，客觀地討論托勒密的地心說與哥白尼的日心說，對誰是誰非進行沒有偏見的探討。但是當這本書好不容易在1632年2月出版時，細心的讀者不難看出，這本書以充分的論據和大量無可爭辯的事實，有力地批判了亞里士多德和托勒密的錯誤理論，科學地論證哥白尼的日心說，宣告了宗教神學的徹底破產。
很快，嗅覺比獵狗還靈的教會嗅出了這本書包含的可怕思想，從字裡行間流露出來的大膽結論使神學家們感到極大恐慌。那些早就對伽利略心懷不滿的學術騙子立即和教會勾結，羅織罪名，陰謀策劃，為迫害伽利略大造輿論。
科學和神學不可調和的鬥爭爆發了。1632年8月，羅馬宗教裁判所下令禁止這本書出售，並且由羅馬教皇指名組織一個專門委員會對這本書進行審查。伽利略預感到大禍臨頭，果然，到了10月，他接到了宗教裁判所要他去羅馬接受審訊的一紙公文。
這時候的伽利略已是69歲的老人，病魔纏身，行動不便，許多關心他的人到處為他說情，但是羅馬教皇惱怒地說：“除非證明他不能行動，否則在必要時就給他帶上手銬押來羅馬！”
就這樣，1633年初，伽利略抱病來到羅馬。他一到羅馬便失去自由，關進了宗教裁判所的牢獄，並且不準任何人和他接觸。
人類歷史上一次駭人聽聞的迫害就這樣開始了。在羅馬宗教裁判所充滿血腥和恐怖的法庭上，真理遭到謬誤的否決，科學受到神權的審判。那些滿臉殺機的教會法官們，用火刑威脅伽利略放棄自己的信仰，否則他們就要對他處以極刑。
年邁多病的伽利略絕望了，他知道，真理是不可能用暴力撲滅的。儘管他可以宣告放棄哥白尼學說，但是宇宙天體之間的秩序是誰也無法更改的。
在審訊和刑法的折磨下，伽利略被迫在法庭上當眾表示懺悔，同意放棄哥白尼學說，並且在判決書上籤了字。
“為了處分你這樣嚴重而有害的錯誤與罪過，以及為了你今後更加審慎和給他人做個榜樣和警告，”穿著黑袍的主審法官當眾宣讀了對伽利略的判決書，“我們宣佈用公開的命令禁止伽利略的《關於兩種世界體系的對話》一書；判處暫時正式把你關入監獄內，根據我們的意見，以及使你得救的懺悔，在三年內每週讀七個懺悔的聖歌……”
伽利略的晚年是非常悲慘的。這位開拓了人類的眼界，揭開了宇宙秘密的科學家，1637年雙目完全失明，陷入無邊的黑暗之中。他唯一的親人——小女兒瑪俐亞先他離開人間，這給他的打擊是很大的。但是，即使這樣，伽利略仍舊沒有失去探索真理的勇氣。1638年，他的一部《關於兩門新科學的討論》在朋友幫助下得以在荷蘭出版，這本書是伽利略長期對物理學研究的系統總結，也是現代物理的第一部偉大著作。後來，宗教裁判所對他的監視有所放寬，他的幾個學生，其中包括著名物理學家、大氣壓力的發現者托里拆利來到老人身邊，照料他，同時也是向他請教。他們又可以愉快地在一起討論科學發明了。
1642年1月8日，78歲的伽利略停止了呼吸。但是他畢生捍衛的真理卻與世長存。具有諷刺意味的是，300多年後的今天，1979年11月，在世界主教會議上，羅馬教皇提出重新審理“伽利略案件”。為此，世界著名科學家組成了一個審查委員會，負責重新審理這一冤案。其實，哪裡還用得著審理什麼呢？宇宙飛船在太空飛行，人類的足印深深地留在月球的表面，人造衛星的上天，宇宙測探器飛出太陽系發回的電波……所有這些現代科學技術的進步，人類將永遠記住伽利略這個光輝奪目的名字。
古希臘在物理學說方面有兩大學派，一派以哲學家亞里士多德為代表，另一派則以自然科學家阿基米德為代表。兩人皆是古代希臘蓍名的學者，但由於兩人的觀點和方法不同，其科學結論也就各異，並形成了鮮明的對立。亞里士多德學派的觀點基本是唯心的，他是憑主觀思考和純推理方法作結論的，所以是充斥著謬誤。而阿基米德學派的觀點基本是唯物的，他完全依靠靠科學實踐方法得出結論。
然而從11世紀起，在基督教會的扶持下，亞里士多德的著作得到了經院哲學家的重視，他們排斥阿基米德的物理學，把亞里士多德的物理學奉為經典，凡違反亞里士多德物理學的學者均被視為“異端邪說”。但伽利略卻對亞里士多德的物理學抱懷疑態度，相反他特別重視對阿基米德物理學的研究，他重視理論聯絡實際，注意觀察各種自然現象，思考各種問題。在伽俐略十八歲那年，一次到比薩教堂去做禮拜，他注意到教堂裡懸掛的那些長明燈被風吹得一左一右有規律地擺動，他按自己脈搏的跳動來計時，發現它們往復運動的時間總是相等的。就這樣他發現了擺的等時性，後來荷蘭物理學家惠更斯根據這個原理製成掛擺時鐘，人們稱之為"伽利略鍾"。
伽利略根據阿基米德的學說，作了迅速確定合金成分的流體靜力天平的研究，發明了可以測定物質密度的"小天平"，寫出了名為《小天平》的論文。後來他又潛心研究了物體重心的幾何學，於1588年發表了《固體的重心》的論文，引起學術界的注意。第二年，在友人的推薦下，被比薩大學聘任為數學教授。
亞里士多德認為兩個物體以同一高度落下，重的比輕的先著地，但伽利略經過反覆的研究與實驗後，改寫了這一結論：物體下落的快慢與重量無關。傳說1590年，伽利略在比薩斜塔公開做了落體實驗，驗證了亞里士多德的說法是錯誤的，使統治人們思想長達2000多年的亞里士多德的學說第一次發生動搖。而應邀前來觀看的一些著名學者卻否認自己親眼見到的一切，他們群起攻擊伽利略。後來此傳說被證明是不存在的。不過因為其進步思想有違神學之論，1591年，伽利略被比薩解聘。
從科學史上看，伽利略並不是落體實驗的首創者，其首創者是比利時的斯臺文。但伽利略的比薩斜塔實驗所造成的影響卻是更為深遠的。
到了這裡，張藝涵終於看完了這本厚厚的書，介紹員也正好走了過來。