三省六部的職能與歷史上相當類似：中省負責秉承皇帝旨意進行預先制定策略，並草擬詔；門下省負責審查；尚省負責執行。張涵以戲志才任中令，為中省的最高長官；荀攸、賈詡任中侍郎，為戲志才副手；以華歆門下令，為門下省最高長官；沮授、邴原任黃門侍郎，為華歆歆副手；尚省權重，張涵分置左右尚令，以分其權柄。以張澗任左尚令，盧植任右尚令，許陵和剻越任左右僕射，為其副手。
上述官職正職都為正二品，副職則多為正三品，只有尚省權重，左右僕射為從二品。至於一品大員，便沒有有名無實的三公了。
三省名義上是三個機構，實際上，中令、門下令和左右尚令同在政事堂裡辦公，都被時人稱為宰相。有時候，人們也會把左右僕射列入其中，但大多數時候，並非如此。
尚省下設六部，分別為：吏、戶、禮、兵、刑、工。禮部負責典禮、科舉、教育等，禮部尚管寧；吏部負責官吏的任免與考核等，吏部尚崔琰；戶部負責人口戶籍、賦稅財政等，戶部尚項奉；兵部負責軍事、防衛等，兵部尚田豐；刑部負責刑獄，依據法律逮捕、處置有罪的人，刑部尚岑瀾；工部負責工程營造、屯田水利等，工部尚岑濤。六部尚皆為正三品。
其中，岑氏一門兩尚，眾人都覺不可開此先倒，張涵卻覺無稽。大理寺為最高司法機關，負責司法，依據法律審理案件，大理寺正卿也是正三品。即使將鍾繇與岑瀾對調，還不是換湯不換藥。張涵遂不作理會，依然鍾繇為大理寺正卿，職責類似於**官。
此外，審配就任御使中丞，負責監查百官，可以風聞奏事。
文官大體就是如此了。接下來，再說說武將。
張涵可不會給宰相操縱兵權的機會。兵部的權力被大大削弱了，主要負責的是裝備和後勤的生產、採購，職務和軍街的晉升，糧餉地發放。軍部與政事的溝通等等。當然，所有將領的任免必須經過皇帝陛下地御批，尤其是指揮幾個重要軍團的將領任免。必須有張涵的親筆詔。這也進一步的削弱了兵部地許可權。
張涵將軍事分為五部：參謀部、軍務部、陸軍部、海軍部和武備部。
參謀部負責蒐集鄰**隊的情報，擬定和組織實施戰略戰役計劃和動員計劃，擬定和組織實施武裝力量建設計劃，掌管軍隊的裝備計劃以及軍校。建立了專門地機構從事地圖的測繪和戰史戰例地研究。為了確保計劃切實可行，的參謀人員和軍校教官，要定期在一線部隊和參謀部之間輪換工作。參謀尚為張羅。參謀侍郎為郭嘉、張音。
陸軍部和海軍部掌管軍隊的組織建設、軍事訓練、行政管理等事務，陸軍尚為伍子方。海軍尚為黃庭真。
武備部就是後勤部，下轄若干武庫，主要職責是裝備、物資的管理和補給，武備尚為張超。
軍務部負責指揮並協調各軍種、備戰區及各種軍隊地作戰行動。以及所有其它事務。軍務尚為張奐。
這五部互不統屬，皆直接聽命於張涵本人。所有重大地軍事行動，都需要五軍部尚和兵部尚在皇帝面前合議。御前尚合議會由皇帝親自主持。六部尚提供意見和建議，以輔助天子決策。一般說來，政事堂決定戰略，即開戰與否，參謀部制定戰略戰役計劃，軍務部執行改計劃。也就是說，政事堂決定開戰之後，事情就不由他們主導了，除非政事堂宣佈停戰。當然，在此期間的每一個環節，都要得到皇帝本人的同意，否則是無效地。畢竟，這依然還是個帝國，皇權至高無上。
四宰相可以旁聽御前會議，並在會議上發言，但沒有表決的權利。若皇帝本人不能發表意見，六尚的決議即為最高決策。只有六部尚不能形成統一的決議時，方聽候四宰相裁決。若四宰相依然不能作出決定，才由左尚令裁決。自然，這種情況是為了預防萬一，發生的可能微乎其微。沒有人把這當真，也許幾百年後派上會用場，也許永遠不會一一再壞的決定，也要好過沒有決定，故而張涵制定了這規定。
值得一提的是，張涵不喜歡宦官，沒有任命任何宦官擔任官職，並公開下詔將此立為禁倒。這道詔令受到了熱烈歡迎，歷經了兩次黨錮的腥風血雨，沒有任何士人會喜歡宦官。與宦官類似的，還有外戚。縱觀東漢歷史，外戚與宦官交替執政，多有為禍天下者。
此前，張涵也是有所防範的，王眸的兩個弟弟都在郡守、國相之列徘徊，沒有擔任重要職務的。如今，張涵當了皇帝，遂下詔令，明令禁止外戚擔任顯要之職。
然而，張涵禁得了外戚，卻禁不了皇族。張涵以族人起家，得力部曲中，多有張氏近支同族。在這些重臣之中，張澗、張奐、張超、張羅都是不出五服的近親。這些人是不可或缺，無法取代的。再說，張氏族人在朝中、軍中都是一支骨幹力量。張涵行事不妥的話，是會冷了眾人的心的。
可是，皇位的誘惑力太大，皇家是沒有什麼親情可言的一一宋太祖和宋太宗那是一母同胞的親兄弟，就因趙匡胤卻不過面子，最後落了個燭光斧影。思來想去，張涵也是放心不下，哪怕是為了防微杜漸，也必須給將來立個規矩。於是，張涵就婉轉地將意思分別知會給了四人，話裡話外的意思局勢一個放棄皇族身份，另立門戶，方可就任朝中重職。
放棄皇族身份，也就意味著公開放棄了皇位繼承權。坦率地說，張涵兒子眾多，這四人根本沒可能繼承皇位的，他們也不願意在這上面猶豫令張涵起了疑心，後果很嚴重。明白了張涵的意思之後，四人都痛快地放棄了皇族的身份。他們也明白，張涵不是在防範他們。見四人識趣，張涵一高興，便給每人在爵位上提了一等，多少也有補償之意。
後來，皇族不得擔任朝中重職，及放棄皇族身份爵位提一等，都成了不成文的規矩。這些卻是後話了。
眾朝臣行禮如儀過後，朝會便開始了。
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