不久，周武帝頒佈禁佛教的詔書，北方的寺院幾乎全部被毀，僧人們大都南逃。佛教遭到慘重的打擊。
退出大殿後，上統等法師上前握住慧遠的手，聲淚俱下：“天子的威勢難以犯觸，你能窮經理而護佛法，的確是活菩薩。武帝的罪過不可恕。你為護法盡了心。”
慧遠說：“正理必須申張，哪裡顧得上性命。”
接著，慧遠又與諸僧辭別：“時運不濟，天子的旨意不能違抗，恕我不能奉陪。但佛法是不會滅絕的，我們解脫的願望是能夠實現的，諸位不必為此擔憂。”
慧遠出家時十三歲，最初投奔僧思禪師。僧思禪師道法高深一見到慧遠，就對他說：“你有出家的面像，要珍惜這個機緣。”
僧思一開始就讓慧遠自己讀經，他隨時對慧遠進行訓誨。
慧遠一不小心，僧思就拿鞭子抽他，所以慧遠學法非常刻苦。
慧遠離開僧思，又從闔梨湛律師、上統、大隱等學法。
學完之後，慧遠已成為精通佛典，善講佛理的大德。
人們爭相與慧遠探討佛理，來拜訪都絡繹不斷。
慧遠之名遠近傳播。
慧遠與周武帝辯論後，躲到汲郡西山，在山中勤奮修道。
三年時間，讀了《法華》、《維摩》等經書近一千遍。
進而又對這些佛德進行修證，常常是睡在山裡，飲於谷中。
隋朝建立後，文帝大興佛法。
在開皇初年，文帝召集天下的高僧大德到法門寺弘法，慧遠也在其中。
很有意思的是，當初慧遠為護法挺身而出，與天子爭辯，幾乎喪命。
現在，慧遠又因弘法而受到皇帝的器重。
開皇七年春，慧遠住在上黨。
夏天，文帝下詔請慧遠到都城傳法，詔書言詞懇切。
慧遠知道推辭不掉，就到了京中。
當時，文帝下詔請了六位高僧，慧遠是其中之一。
眾高僧與學士二百多人一起講論佛法。
文帝有時親到講席聽法。文帝又讓眾大德住在興善寺，並舉行了盛大的法會。
於是，學法的人都趕到京城，聽眾高僧**。