兩府體系、世兵考核體系所得不易，源義時和御連判眾反覆討論多年才逐漸完善這一套體系，這套體系恰好契合新的幕政系統，源義時在幕府裡設定上中下三個等級次第向下的系統，這三個等級分別是御相伴眾、御連判眾、御家人。
御家人是基層也就是二十五萬世兵，體系外的世人並不知道世兵考核制，這只是御家人體系內的一套汰弱留強的競爭系統，不但備隊裡的武士是御家人，擔任各地政務加擔的奉行也是御家人，兩府體系當然也是御家人，御家人內部沒有文武之分也不講東西之別，只有內部的分工職責不同。
御連判眾是鎌倉將軍多年常設的機構，最初源義時沿用這個制度也是按照舊例作為奉行眾頂層方便管理。經過幕府創立的幾年裡不斷摸索，這個機構早已不是最初的奉行用意，而變成網羅御家人體系內的精華。
這個體系內的成員多達六百多人，這個御連判眾體系內擇優選擇各地的基層優秀武士充實其內，在這裡不問出身不管過往，只要他們在地方御家人體系內是有能力的，有人望的代表，就都可以擇優錄入其中，每兩年根據各地御家人體系內支援變動，以及御家人正常的繼承權變化而更迭。
御連判眾的成員只可連任三次即得退職。允許間隔競任次數為五任便不可繼續當選。如果五個任期還沒有升到御相伴眾。說明此人沒有得到將軍的青睞，或者被將軍不喜而棄用，這樣可以有效的確保御連判眾不會結為黨團影響幕府的施政，御連判眾不存在世襲。這是個只問能力不問出身、不問來歷，甚至不問性別的地方。
這六年裡曾經擔任過至少一任御連判眾的武士包括，明智光秀、羽柴秀吉、羽柴秀長、村井貞勝、前田懸以、黑田孝高、竹中重治、山中幸盛、立花道雪、鍋島直茂、宇喜多直家、伊達実元、石川數正、內藤昌豐、高山友照、小早川隆景、島津歲久。
除此之外還有幾個御家人舉薦的體系外的幾個有趣人物充當特別顧問，這些人限於非御家人體系也只能給予一些建議，其中的高僧策彥周良、快川紹喜屬於比較正常的，茶人今井宗久、津田宗及、千利休，連歌師裡村紹巴，棋牌聖手本因坊算砂有點劍走偏鋒，還有人曾試圖舉薦弗洛伊斯卻因為源義時不喜南蠻教而作罷。到是有一個女人被舉薦成功，那就是兇名滔天的出雲阿國。
看起來離經叛道的御連判眾其實並沒有想象中混亂，御連判眾設定一個五人的最高管理者，這五個人是由幕府將軍提名得到御相伴眾支援並親自任命的，他的任其是一任三年。最多一次連任五任，必須間隔五任方可繼續當選。
有趣的是最大連任沒有限制，可以想象五個任期是十五年，間隔十五年再連任十五年就是三個十五年，且不說難度到底有多大，就這個時間跨度足以經歷兩任將軍，一朝君一朝臣的體系裡幾乎是不可能做到的。
將軍任命的御連判連署具有召開御連判會議，並在會議上與御連判眾成員一起評審政務，經過決議作出支援或者反對的草案的決斷，再交給更高層級的御相伴眾作出相應的選擇，最後是將軍作出最終決斷即可。
最上層的御相伴眾，比這個要嚴肅的多，講究出身門第功勞影威望品德等因素，各家的精英子弟各憑本事獲得支援，進入御連判眾大浪淘沙三五個任期，期間再外放擔任奉行或者備隊大將一兩任，憑藉能力得到認可便可以被將軍選入御相伴眾。
這裡早已不是最初御相伴眾的養老場所，而是一個嚴肅的謹慎的為將軍把守最後大門的一道防線，這裡絕對不會出現平民出身的羽柴秀吉，南蠻教徒高山友照，德川逆黨石川數正等魚目混珠之輩混跡其中的可能性。
坂東八平氏的家督，跟隨源義時多年履歷功勳的優秀家臣，功勞高威望高處事嚴明的譜代，這些人家系清白、德行無差、能力和出身都很優秀的武士才是將軍的重要輔佐者，御連判眾頂多算的上給御家人階層一個說話的聲音緩解矛盾，限制御相伴眾的權威和資歷影響罷了，御連判眾做的決策必須得到御相伴眾和將軍的雙重認可，否則他們只是投個反對票用腳決策而已。
御相伴眾成員包含現有幕府的所遇精英，三河出身的本多時正，京都出身的細川藤孝，越後出身的直江景綱，陸奧出身的北畠顕房，關東出身的太田資正，甲斐出身的武田信繁，美濃與幕府雙重出身的明智光秀，西國出身的宇喜多直家、毛利輝元，目前屬於太宰府體系的北條時政、最上義光、島津義久。鎮守府體系的結城晴朝、伊達輝宗、蘆名盛氏、佐竹義重等人都是御相伴眾成員。
相比之下，御相伴眾的成員總人數非常少，目前的定額為八十人，每三年改選其中一半成員，照顧那些年歲大的身體不好的家臣退職修養，或者遇到父子、兄弟皆被將軍選為御相伴眾的時候，其中一人退職或者暫時放棄。
御相伴眾設定三名別當，依然是由幕府將軍提名並得到御相伴眾支援而任命的，三名別當每個任期為六年，每六年必須有一人卸下別當職權。不得連任超過兩個任期。間隔當選不得超過三個任期。幾乎把御相伴眾的權力限制的死死的。
在別當與某個成員有親屬關係的情況下允許兼任，這是照顧一些家督父子都是優秀武士的極端情況，御連判眾連署沒有這方面忌諱，只要是御連判眾選出來得到將軍和御相伴眾審閱的都可以擔當。兩者的區別還是非常大的。
上杉謙信是首任御相伴眾別當，另外的兩個人分別是真田幸隆、北條氏康，到今年恰好是第一個任期結束，年過六旬的北條氏康即將卸任，前往京都隱居安度晚年，增選的新任別當是武田信繁，這三個優秀的武士將成為幕府未來六年裡至關重要的人物。
這三套體系很複雜，再結合源義時的設定的御連枝眾、御門葉眾體系，構成一張繁複交錯的大網。原本的譜代旗本領、外樣制度全面廢除，只有御家人一個基礎體系，五畿七道六十六國皆由幕府委派奉行結合地方地侍協，形成統一與自治結合的奉行體系。
幕府御家人三年一輪換駐守各地要道，各大港口皆歸屬幕府。各地金銀銅山等各種礦藏歸幕府，每年捕魚期休漁期，捕獵期休獵期皆由幕府制定，這是一個空前強大的幕府，強大到任何武家都不敢生出反逆之心。
佩太刀成為御家人的標誌，非御家人的同心警固眾只准許佩戴小太刀、短刀、長槍維持地方治安，每一把制式太刀皆由幕府匠作監鑄造，刀鞘與刀柄皆有特製鋼印，私藏盜取搶奪使用御家人太刀是死罪，佩刀御家人成為真正的武士階層，這個階層只有二十五萬人，只有少量體系內的別出超拔會逐漸增加人口，這是保證群體利益不被削弱，並維持向心力和競爭力的手段。
……
夜幕降下，江戶御所裡燈火通明，源義時與夫人們一起用餐，虎姬看著空蕩蕩的坐席，感傷地說道：“不知道勝王丸、寶王丸、蔵王丸吃的慣住的好嗎？蔵王丸還是個幾歲的小孩子，這麼早就藩真的好可憐，妾身真的很擔心孩子們。”
看見源義時沉吟不語，沼田檀香就笑著說道：“姐姐不必擔心，殿下說過會讓孩子們回到江戶的，親藩每年回江戶省親是幕府的新定式，不久便會見到孩子了。”
源義時的十個兒子裡，嫡長子足利義泰是幕府次期將軍，嫡流另外有三個男子別出繼承足利氏家門，嫡次子勝王丸元服繼承吉良氏的苗字，並迎娶長尾政景與綾公主的嫡女景姬公主為妻，改稱吉良泰氏，作為御連枝眾筆頭，就藩伊勢國六十萬石，稱作勢州藩。
嫡三子寶王丸過繼為畠山高政的養子，迎娶畠山義綱之女澄姬公主為妻，繼承畠山家兩大門流的家名，改名為畠山重氏，作為御連枝眾，就藩越前國六十萬石，稱作越州藩。