對於呂宋以後的制度，朱由檢心裡已經有了計劃。
在聽取眾將建議後，朱由檢感覺和他的想法有不少相似之處，於是定按原計劃實施。
朱由檢畢竟是有金手指的皇帝，心裡有了想法後，就會讓系統按照他的思路整理出一份材料。
首先是呂宋治安問題，如果想把呂宋經營好，安全的環境必須放在第一位。
從即日起，開始嚴格統計呂宋人口和戶籍，有多少原住民，有多少華人，有多少各國駐呂宋商人和外交官員。
所有在呂宋的人員，必須全部登記在案。
人口戶籍統計出來後，開始給原住民和在呂宋居住超過三年的華人，統一發放身份證。
而那些經商的華人和外國人，必須要辦理居住證。
前來呂宋辦事和經商的人，在進入呂宋港口後，必須要去入境處登記。
大明並不限制他們來往，但都要有身份證明，沒有任何身份證明的，不允許進入本島。
大明駐呂宋都護府，會在旁邊一個小島安置他們，不會讓他們漂泊在海上無處安身。
無論什麼人，只要進入呂宋，都必須遵守呂宋法規，不然將會被治罪，輕者送錫蘭挖礦，重者依法砍頭。
為了防止土著被人煽動作亂，決定對他們進行編制管理。
原住民十戶為一組，十組為一村，村裡設村長一個。
十個村為一鎮，鎮上設鎮長一個，主要負責管理他們。
村長有事需要向鎮長彙報，鎮長有都護府地方官員直接管轄。
另外，每一組十戶人家要相互監督自管，如果有一戶犯重大錯誤或者背叛大明，十戶人家會被誅連。
如果想免除罪責，他們要在第一時間向村長反應情況，不然同罪論處。
在大明管轄下，只要你老老實實聽話，不但沒有人敢欺壓你，還會分田地果園給你。
每年收成除了上交的稅負外，剩餘收入足夠他們維持生活。
家裡有勞動力的，還可以去其他地方工作掙錢，這部分不需要交稅。
東南亞農作物都是一年兩熟或者三熟，產量很高，根本不會捱餓。
分田到戶後，剩餘土地果園等，大明會建立農場。
既然呂宋已經納入大明版圖，朝廷不會像殖民地一樣肆無忌憚徵收他們的人頭稅，導致民不聊生。