喀爾喀蒙古諸部無法抵禦噶爾丹，於是向清朝的康麻子求援。
1690年，噶爾丹親率大軍殺進入內蒙古地區，康麻子御駕親征，雙方在烏蘭布通展開激戰。清朝雖然獲勝，但損失也很大，康麻子的舅舅佟國綱戰死
之後，眾叛親離的噶爾丹自殺。噶爾丹雖死，但準噶爾沒有滅亡，他的侄子策妄阿拉布坦繼任首領。
策妄阿拉布坦在位期間，一方面繼續西征，在準噶爾的打擊下，哈薩克汗國分為大玉茲、中玉茲、小玉茲三部，均向準噶爾稱臣，並派軍佔領了西藏地區。
在與東擄交戰的同時，準噶爾部與沙俄帝國也一直處於戰爭狀態。
當時沙俄國在額爾齊斯河設定了不少軍事要塞，侵佔準噶爾的領地。
1715年，準噶爾與沙俄在亞梅什交戰，殲滅俄軍1千多人，沉重打擊了俄國的侵略氣焰。
不過處於多線作戰的準噶爾也為此付出代價，俄軍趁準噶爾與東擄交戰之際，還是侵佔了不少領土。
策妄阿拉布坦死後，他的兒子噶爾丹策零繼位，此時的準噶爾汗國依然強大，噶爾丹策零多次打敗清軍。
無奈之下，雍正帝與準噶爾議和，雙方以以漠北杭愛山為界，以東屬清，以西屬準噶爾。
遊牧帝國都有一個致命的缺點，它們必須有一位強大的首領，隨著噶爾丹策零的死，準噶爾走向了衰落。
1745年，噶爾丹策零病死，汗國陷入爭權奪位的內亂之中。
東擄看到了機會，再次對準噶爾用兵，於1755年活捉準噶爾汗達瓦齊，強盛一時、稱霸中亞的準噶爾汗國至此滅亡。
現在準格爾並不是一個真正的汗國，名義上的大汗其實就是臺吉而已。
直到準格爾出了一個大人物噶爾丹後，整個準格爾部落敗強大起來。
此時土爾扈特還沒有遷移，他們整個部族是親大明的。
和碩部已經脫離準格爾成立和碩汗國，現在是反明五國之一，他們親羅剎國。
另外幾個部落內部意見都不統一，有人主張抗擊大明，也有人主張保持現狀，當然更多人主張向大明靠攏，畢竟大明現在如日中天。
準格爾臺吉感覺已經有些力不從心，於是把臺吉的位置傳給了兒子僧格，而他已經躲在後方頤養千年了。
僧格是17世紀準噶爾部首領。巴圖爾琿臺吉的第五子。
1653年，由其父臨終前指定為繼承人。
歷史上他抵禦沙皇俄國的入侵。出兵攻打俄軍哨所。
後來僧格被異母兄車臣臺吉和卓特巴巴圖爾謀殺，之後，他的六弟噶爾丹繼位。
噶爾丹本是一個出家人，因為兄長被殺才臨時還俗繼位，正是他的繼位才有準格爾的迅速強大直至稱霸中亞。