一場皇帝內衛整治行動，在青龍，曹正淳，白虎，玄武，朱雀等大明高階內衛首領的親自率領下開始執行。
此次行動查出有問題的內衛和錦衣衛達到三百多人。
他們大部分被清除出情報機構，還有三十多人因為犯事過於嚴重被誅殺。
其中包括吳剛他們三人在內，畢竟曾為但新政立下汗馬功勞，他們家人並不會受到誅連。
朱由檢決定調整內衛數量和責任，海外錦衣衛和內衛數量保持不變，仍然負責情報工作。
有些國家進駐的錦衣衛還會增加，但大明本土錦衣衛人數將精簡。
以後每個省只保留一個錦衣衛辦事處和一個內衛機構，人數都在八十左右。
他們的權力也被削減，沒有總部的命令，他們只有監督權，發現問題立即上報，不能隨便抓人審訊，更加不能隨意騷擾百姓，革命不能仗勢欺人。
錢萬里這段時間就住在京城驛館，有兩個番子貼身保護，在傷勢恢復後，他們被帶到乾清宮面聖。
對於錦衣衛抓捕拷打他的事情，錦衣衛指揮使青龍親自給他道歉，並告訴他，抓他的錦衣衛已經被砍頭。
當聽到抓他的錦衣衛被砍頭後，錢萬里心裡是五味雜陳，因為他的問題讓三個錦衣衛喪命，錢萬里還是感到有些遺憾的。
終於可以見到皇帝了，錢萬里經過這段時間磨鍊，已經沒有當初那麼激動，進入乾清宮御書房後，錢萬里就趴在地上給皇帝磕頭：
“草民錢萬里，參見皇帝陛下！”
朱由檢看看這個死裡逃生的錢萬里，他心裡也有些不好意思，人家本來活得好好，因為自己要召見他差點死在吳剛手裡。
朱由檢擺擺手：
“免禮平身，賜坐！”
無論怎麼說，錢萬里見到皇帝也是非常緊張，見皇帝居然還賜坐，錢萬里感覺自己突然很想哭，他被感動了，不過打死他也不敢在皇帝面前落座。
“謝皇帝陛下天恩，吾皇萬萬歲！”
“草民不敢在陛下面前落座，還是站著回話吧！”
見錢萬里低著頭身體還有些微微發抖，再也沒有那天在酒店侃侃而談的風度，朱由檢微微一笑道：
“錢萬里，抬起頭來！”
他引導皇帝讓他抬頭，錢萬里心裡就是一愣，他聽說見皇帝時不能抬頭觀看的不然就是什麼罪：
“草民不敢，請陛下恕罪！”