唐軍聯合沙陀首領李克用進攻長安，黃巢起義軍失敗，退出長安。田令孜把收復長安，鎮壓黃巢起義軍的功勞記在宦官的頭上，說是宦官楊復光請沙陀首領李克用進軍長安，京師才得以收復。認為中書令、充諸道行營都統王鐸討伐黃巢久無功，貶王鐸為義成節度使，貶副都統崔安潛為東都留守。田令孜又害怕楊復光功勞太大，對自己構成威脅，故意減少對楊復光的獎賞。誇大自己的功勞，說自己首先建議僖宗幸蜀避難，收傳國寶以及唐朝歷代帝王的真容，並散家財搞勞將士，自己運籌帷幄，決勝千里，在保衛唐王朝中起了決定性的作用，並指使宰相、藩鎮為自己請功加賞，唐僖宗任命田令孜為十軍兼十二衛觀軍容使。
在宦官集團內部，楊復光的哥哥楊復恭與田令孜有矛盾，楊復光死於河中，田令孜無所顧忌，立即將楊復恭從樞密使貶為飛龍使。田令孜還竭力培植黨羽，對王建、韓建、張造、晉暉、李師泰等賞賜鉅萬，並養為假子，各為統帥，號移隨駕五都。自此以後，田令孜更加驕橫，禁制皇帝，唐僖宗不能有所主斷，必須從田令孜的指示。唐僖宗越來越認識到田令孜的專權，自己只不過是個傀儡而已。
唐僖宗回到長安，黃巢起義軍雖然失敗了，但是大起義的結果卻是明顯的，徹底打亂了唐王朝的統治秩序，藩鎮割據的局面在戰爭中形成。政治上，唐王朝已是號令不行；經濟上，藩鎮備專租稅，不再向顧廷上供，唐王朝只能依據京畿、同、華、鳳翔等數州的租稅來供應財政支出。此時的唐王朝不論在政治上還是經濟上。只能算個小朝廷了。但是從成都遷回的卻是一整套政府機構，僅宦官與朝宮就有一萬多人；田令孜在蜀地又招募新軍五十四都，每都一千人；還有王建等隨駕五都。龐大的國家機器與其財政收入發生了嚴重的矛盾。由於賞賜減少，引起士卒不滿。田令孜害怕引起軍隊叛亂，只好割奪藩鎮的利益來解決矛盾，結果是激起藩鎮與朝廷的嚴重衝突。
唐僖宗逃亡成都後，內外百司各失其守，王重榮佔據河中為河中節度使，獨佔境內安邑、解縣兩鹽池之利，每年獻鹽三十車以供國用。田令孜啟奏唐僖宗將兩鹽地收歸國有，並自兼榷鹽使，以所得利潤供應軍隊開支，王重榮不願意交出鹽池，不停地上書論訴。
田令孜派自己的親信到各地節度使那裡當監軍，嚴密監視，凡是不順從自己的節度使，就立即除掉。田令孜的養子匡佑出使河中鑲，王重榮待他極優厚，但是匡佑依仗田令孜，態度狂傲，引起王重榮的憤怒。王重榮指責田令孜的罪惡，並責罵匡佑無禮，匡佑回來後，勸田令孜除掉王重榮，田令孜調王重榮為泰寧節度使。
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王重榮認為自己對收復京城有功，卻被田令孜排斥，數次上表，說田令孜離間君臣，並列數田令孜十大罪狀，田令孜勾結邠寧節度使朱玫、鳳翔節度使李昌符一起抗拒王重榮。王重榮向李克用求救，李克用與朱溫有矛盾，而朝廷不辨是非，總是從中調和，因此李克用對朝廷也不滿意。此時，李克用正在招兵買馬，聯合其他少數民族，準備進攻汴州，所以對王重榮說：“等我先消滅了朱溫，回來再收拾田令孜等鼠輩，就會象秋風掃蕩葉那樣簡單了！”王重榮說：“等你消滅朱溫回來時，恐怕我已經是階下囚了。”
當時，朱玫、李昌符也在暗中勾結朱溫，朱玫想激起朝廷與李克用的矛盾，促使朝廷派兵討伐李克用，多次派人潛入京師，燒燬倉庫，刺殺近衛軍士，卻冒充是李克用派人乾的，鬧得京師日夜不寧，人心惶惶。田令孜派遣朱玫、李昌符帥本鎮軍及神策軍、鄜、延、靈、夏等諸鎮軍隊，屯集沙苑，討伐王重榮。李克用帥軍與王重榮合，上表唐僖宗請誅死田令孜、朱玫、李昌符。雙方會戰，朱玫、李昌符敗歸本鎮，潰敗散兵到處焚燒房屋，搶掠財物，李克用率軍進逼長安，田令孜與唐僖宗等夜裡出開遠門逃往鳳翔。
諸道兵進入長安後，大肆焚撓搶掠，長安城裡的官室以及民居被燒燬十分之六七，長安城在黃巢焚燒後，又一次遭到了嚴重的破壞。李克用打敗朱玫、李昌符後回到河中，與王重榮又一次上表請求唐僖宗回官，並指陳田令玫的罪狀，要求誅死田令玫。唐僖宗更新起用楊復恭為樞密使。田令孜已失去唐僖宗的信任，不再受寵。
田令孜想繼續控制唐僖宗，作為保護自己的屏障，因此要僖宗逃往興元，唐僖宗不再聽從田令孜，拒絕到興元。夜裡，田令孜率兵沖人行宮，劫持唐僖宗逃往寶雞，朱玫、李昌符見田令孜已勢窮，又害怕李克用、王重榮，因此改附李克用。
大部分朝官憎恨田令孜，不願去寶雞，要奪唐僖宗回城。朱玫、李昌符率兵進攻寶雞，田令孜又帶著唐僖宗逃往漢中，朱玫、李昌符和朝官立襄王李熅為帝。此時，田令孜已失勢窮困，知道自己已不為天下所容，只好讓位給宦官楊復恭，自任為西川監軍使，到成都投靠陳敬瑄，其黨羽被楊復恭斥逐。
唐僖宗死，楊復恭立壽王李曄為帝，即唐昭宗。楊復恭代替了田令孜擔任觀軍容使，把田令孜的乾兒子王建調出為壁州刺史。王建奪取了利州，任命自己為防禦使，於是攻佔了閬、邛、蜀、黎、雅等州，詔令在這些地方設定永平軍，任命王建為節度使。田令孜計劃和王建聯合抵禦朝廷，寫信召他來，王建很樂意，可是將要去的時候，田令孜又拒絕了他。王建對此頗為憤怒，進而包圍了成都，田令孜登上城牆向王建道歉，並問他為什麼把城圍困住。
王建說只要田令孜改變計劃，不與朝廷對抗，那麼父子之間仍然可以像當初一樣相處，田令孜又要求和王建當面商談，王建也答應了。當天晚上，田令孜揹著印信符節給了王建，王建入成都，把田令孜關禁在碧雞坊。過了兩年，田令孜和陳敬瑄在同一天裡都死了，臨刑的時候，田令孜把絲絹撕成條，結成粗的繩，交給行刑的人說：“我曾經擔任十軍的觀軍容使，殺我也罷，得有一定的規矩。”於是，教他們用繩勒死人的方法。
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