說他死了以後，上計是解兵迴歸朝廷；
中計則是退守武昌，擁兵自守；
下計則是謀反動亂，顛覆朝廷。
錢鳳卻認為，下計才是最好的計謀，與沈充決定在王敦死後發動叛亂。
之後，丹陽尹出缺，王敦表溫嶠為丹陽尹，意圖藉此監視朝廷動靜。
但溫嶠卻向司馬紹報告王敦的圖謀，更與庾亮一同策劃討伐王敦的計劃，令王敦大怒。
司馬紹知道王敦病重的訊息後，一方面派人去問候王敦，另一方面卻微服到蕪湖觀察王敦的營壘，又向大臣詢問王敦的起居。
後問光祿勳應詹應否討伐，應詹勸他討伐，於是決定了進攻。
加司徒王導為大都督，領揚州刺史；
以溫嶠和卞敦守石頭城，應詹守朱雀橋，郗鑑都督從駕諸軍事。
另亦召命臨淮太守—蘇峻、兗州刺史—劉遐、徐州刺史—王邃、豫州刺史—祖約、廣陵太守—陶瞻一同入建康保衛建康並助討王敦。
王導帶領子弟為王敦發喪，而司馬紹亦假稱王敦已死，下詔討伐王敦的黨羽。
眾人都以為王敦已死，士氣增強。
王敦接詔後大怒，但因病重而不能領兵，於是命王含為元帥。
命錢鳳與冠軍將軍—鄧嶽及周撫領兵攻向建康，並以誅殺奸臣—溫嶠為名號。
王含水陸並進，領五萬兵到江寧南岸，逼近建康，眾人驚懼。
溫嶠移駐北岸，並燒燬朱雀桁，令王含不能渡過秦淮河攻擊。
期間，王導曾試圖勸降王含，但王含沒有回答。
後來，司馬紹率諸軍出屯南皇堂。
並在一夜招募壯士，派將軍—段秀和中軍司馬—曹渾等率千兵渡過秦淮河，攻其不備。
之後，在清晨在越戰與王含交戰，大破王含軍，並斬將領何康。
王敦知道王含兵敗後大怒，更試圖要起身領軍反攻，但因病重而不能起身。
錢鳳後亦到江寧南岸，與司馬紹所率諸軍交戰，頻頻戰敗。
王敦知自己不久人世，向少府—羊鑑和王應要求，在他死後要先置文武百官才辦喪事。
不久王敦病逝，王應秘不發喪，用蠟處理屍體並埋在屋中就與諸葛瑤等縱情聲色。