元代，以中書省總領百官，與樞密院，御史臺分掌政、軍、監察三權。
門下、尚書兩省皆廢，故中書省較前代尤為重要。
地方行政由中書省外派的“行中書省”即“行省”掌握。
明初沿用，洪武十三年廢丞相、中書省，由皇帝直接統領六部。
明永樂帝時，設內閣，機要之任開始歸“內閣”。
負責起草詔令，明宣宗後擁有票擬奏章的“票擬權”。
門下省為官署名稱。
東漢時即設侍中，秩比二千石，屬於少府，職掌為侍從皇帝左右、贊導眾事、顧問應對，皇帝外出，則侍從參乘。
門下省，原為皇帝的侍從機構，南北朝時權力逐漸擴大，北朝政出門下，成為中央政權機構的重心。
隋唐時，與中書省同掌機要，共議國政，並負責審查詔令，簽署章奏，有封駁之權。
其長官稱侍中，或稱納言、左相、黃門監，皆因時而異。
其下有黃門侍郎、給事中、散騎常侍、諫議大夫、起居郎等官。
尚書省，於南朝宋得名，前身為“尚書檯”，由漢代皇帝的秘書機關尚書發展而來。
是魏晉至宋的中央最高政令機構，為中央政府最高權力機構之一，組織機構於隋朝定型。
以唐代制度為例：有吏部、禮部、兵部、刑部、戶部、工部等六部，下轄吏部、主爵等24司。
六部尚書都以所在“部”為名，而郎官以所在“司”為名，負責執行詔令。
六部三省的長官侍中、中書令、尚書令相當於秦漢時期的宰相。
尚書省是國家最高行政機關，其下設吏、禮、兵、度支後改為戶）、都官後改為刑）和工六部，與諸寺、臺分別處理各類事務。
每部設尚書為最高長官，總管本部政務。
開始的時候，六部叫做六曹，即六個辦事機構。
六部的長官為尚書，六部的設定成為後代封建王朝中央政權的固定制度。
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