慧思在齊武平初年離開嵩陽，帶領眾徒南遷，想同以前的大德一樣，尋找一個隱身修行之所。
剛到光州，就趕上樑元帝傾覆，國家大亂，向南的道路被阻。
慧思和眾弟子不得不暫時住在大蘇山。
幾年的時間，前來投奔慧思的弟子如潮水湧起一樣多。
大蘇山在陳齊兩國邊境，兩國交戰，佛法弘揚受到阻礙，許多人害怕戰爭，相繼散去。只有那些有志於行道的，不惜生命，留下來向慧思學法。
慧思向他們傳授禪定之法，講授佛理。
接著，眾人又請慧思講《般若》和《法華》二經。
慧思所講的內容，都能闡發佛經的玄妙之意。
江陵前來學法的智顗，聰明智慧，學識廣博，慧思讓他代自己講經。
智顗講到一心具萬行之處，感到有些疑惑。慧思給他解釋說：“這是大品次第之意，不是《法華經》的圓頓之說。我過去在夏休時，就苦於思考這個問題。在一天夜晚，我忽然感到一念生出萬法，從而印證了這種說法。”
智顗接受了慧思所授的法華行法三七境界，又問慧思的師位是否是十地，慧思說：“不是。我是十信鐵輪位。”
其實，以慧思所證得的境界來說，已到了長別苦海的程度，只是他本人謙虛退讓，聽其言很難見其實。
陳光大六月二十二日 ，慧思又帶著眾弟子，向南嶽進發，開始了融合南北佛教的偉大事業。
慧思到達南嶽後，告訴眾僧說：“我要在這裡住十年，十年以後，我就要遠遊他方。”
又說“我前世的時候，曾到過這裡。”
衡陽附近有一個風景優美的地方，林靜泉清，見到的人都很高興。
慧思說：“這是古寺院，我過去曾住在這裡。”
按慧思的說法，眾人掘開地面，果然看到了房基和一些僧人用具。
他們走到巖下時，慧思：“我過去在這裡坐禪時，賊人砍了我的頭，因而喪命。現在是我再次轉世之身。”
眾人共同尋找，發現了一具枯骨，又仔細尋找，找到一個頭骨。
慧思拿著頭頂在頭上，後來又為它建造了一座塔，以報答前世之恩。
慧思在南嶽講經授法，山門弟子云集，名聲日高。
有一個異道心懷嫉妒，密告陳皇帝，說慧思是北地僧人，受齊的指使，前來破壞。
陳皇帝派使者前去探查。使者走到半路，遇到兩隻虎在前面憤怒地咆哮，使者驚嚇而退。幾天以後，使者又去。
此時，有小蜂飛來螫慧思的額頭。
立即有大蜂飛來，咬死了小蜂，把小蜂的頭叼到慧思面前，然後就飛走了。
陳皇帝得知此事後，對慧思不再懷疑。