不久，告密者一人暴死，另外兩個被狗咬死，蜂所示的徵兆，於此得到了驗證。
陳皇帝欽佩慧思的道法高深，傳旨把慧思接到下都的棲玄寺。
有一次，慧思從棲玄寺到瓦官寺，趕上下雨，他沒帶雨具，卻身上不溼，鞋不沾泥。
僧正、慧暠諸弟子在路上遇到慧思，他們稱讚道：“真是神人！不然，怎麼會如此呢？”
陳國的大臣對慧思佩服異常，道俗也為之傾倒。大督都吳明徹，敬重慧思，送給慧思一個犀牛枕。李將軍孝威，到寺中拜見慧思。
他在路上想：“怎麼才能看到吳明徹送給慧思的犀半枕呢？”
等到了慧思的住處，慧思對李孝威說：“想看犀牛枕，現在就可以看。”
有一天，忽然有聲音告訴李孝威打掃院子，有聖人將至。
孝戚立即讓人打掃。不一會兒，慧思就來了，孝威仰慕不已。
孝威把此事告訴眾人，眾人驚歎不已。
慧思想回南嶽，眾人不敢挽回，用船把他送到江邊。
慧思回山中後，陳皇帝每年都要去三封信，表示慰問。
慧思在山中加倍宣講佛法，其道法更加高深莫測。
現形忽大忽小，有時會藏身不見，又時常有異香奇色出現、各種瑞相接連不斷。
慧思曾說要在山上住十年，住滿就走。
在十年將滿之時，慧思從山頂下到半山道場，聚集門徒，連日說法。
慧思苦口婆心地勸眾僧學法行道，聽著為之動顏。
慧思告訴眾人說：“如果有十個人不惜生命，常修《法華》、《般若》、《唸佛三昧方》等，常行懺悔，這種人有什麼需要，我將隨時供給。如果沒有這樣的人，我就要遠去了。”
苦行之事艱難，眾門徒無人回答。慧思停念止息，等待命盡。
小僧靈辯見慧思將要離去，嚎啕大哭。
慧思睜開眼說：“你是個惡魔，我要走了，眾聖正在迎接我，快樂致極。你為什麼要驚動我，趕快出去。”
說完，慧思就離去了。
慧思死時，異香滿室。
他的屍體頭頂溫熱，身體綿軟，面色如常。
終年六十四歲。