他撰寫的《孫子略解》，開創整理註釋《孫子兵法》十三篇的先河。
其著述大都亡佚，從其《孫子注》和存世的軍事文書以及《三國志》等史書中，可窺見其軍事思想。
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曹操認識到——軍事鬥爭離不開政治形勢的配合，要有足夠的武裝力量，才能拯救社會。
不能像春秋時吳國夫差那樣只憑武力，不注重政治；
也不可似周朝諸侯徐偃王那樣，以仁義代替用兵。
他強調“兵以義動”，“示天下形勢，以順誅逆”。
為贏得戰爭中的政治主動權，他挾天子以令諸侯；
為爭取人心，佔領河北後免難民租賦，又釋出抑豪強兼併令，以使“百姓親附，甲兵強盛”。
謀士郭嘉頌揚他“奉順以率天下，此義勝”。
曹操認為經濟的好壞，關係著戰爭的成敗。
軍隊無輜重、糧食、委積，“亡之道也”，因而吸取“秦人以急農兼天下，孝武以屯田定西域”的經驗，大興屯田，達到了足食強兵的目的。
在治軍思想上，曹操拋棄儒家以禮治軍的原則，認為“禮不可治兵”，強調“吾在軍中持法是也”，注重以法治軍。
他針對漢末為政失之於寬的狀況，“糾之以猛”，以使“上下知制”“所是進之以禮，所不是正之以法”。
他“攬申、商之法術”，制定管理、訓練等軍事法規，如《軍令》《步戰令》《船戰令》《論吏士行能令》《敗軍抵罪令》等，以維護軍隊的統一指揮，強化軍隊的戰鬥力。
為保證法規的實行，曹操主張嚴明賞罰，按法賞有功、治有罪。
明君不官無功之臣，不賞不戰之士；
治平尚德行，有事賞功能；
告誡諸將“賞功而不罰罪，非國典也”。
強調“諸將出徵，敗軍者抵罪，失利者免官爵”，並“親巡將士，明勸賞罰”，在公開場合，自己也不置之法外。
為貫徹以法治軍的思想，曹操特別注意軍中司法官吏的選拔，認為“夫刑，百姓之命也。
而軍中典獄者或非其人，而任以三軍死生之事，吾甚懼之。
其選明達法理者，使持典刑。”
曹操選將用人，主張破格求實。
他拔于禁、樂進於行陣之間；